コマンド＆ポスターvs筆者 - 運だけ研究生活

今日から、バイオインフォマティクスのワークショップに参加している。

内容を具体的に説明すると、主に次世代シーケンサーによる解析方法を学ぶためのものになっている。次世代シーケンサーとは、従来の遺伝子解析法(サンガーシーケンス法)と比べて桁違いの量の遺伝子を解析できる夢の技術である。「次世代」と言いつつこの中に何世代もあるのは秘密だ。
当然データ量がとんでもないことになるのと、解析方法がかなり複雑になるので、とっつきづらさが問題である。初心者としてはこういうワークショップはとてもありがたい。
元々は他の研究室の学生向けに開かれたものだったらしいが、筆者のいる研究室にも案内が回ってきたので食いついた次第だ。

解析方法が複雑と書いたが、どう複雑なのかというと、まず解析するパソコンに入っているOSがLinuxである必要がある。そんなOS聞いたことねえぞと思われるかもしれない。実際筆者も半年前に初めて知った。とにかくそういうのがあるのだ。
筆者もあまり理解出来ていないのだが、言われるがままにVirtualboxという仮想マシンをインストールし、この中にLinuxを導入して動かしている。

また、解析ソフトを動かすためにコマンドの入力が要求される。通常のパソコンではマウスとクリックで動かしているところを、コマンド入力で操作したりすることになる。例えばディレクトリの移動は「cd "移動先"」、ファイルの削除は「rm "削除対象"」と入力する。
これが特に大変で、今日はコマンド入力の学習でほぼ1日が終わった。
一応、これまでも分子系統解析ソフトを使うために軽くコマンドを使ったことはあるが、しっかり学ぶのは初めてなので大変である。
慣れれば便利だという話はよく聞くが、それは慣れてみないと分からない。

ワークショップは10時から始まって、何度か休憩を挟んで5時まで続いた。

内容は非常にためになるのでこれはこれで良いのだが、ワークショップで一日が潰れることによる問題が別に生じている。
今週末の学会のポスターを作る時間が無いのである。

札幌を出発するのが金曜の夜で、余裕を持たせるためにも明日には印刷したいのだが、なんとポスターはまだできあがっていない。
これでも家に帰ってからずっとポスターを作り続けているが、まだかかりそうである。正直ブログを書いている場合ではない。

明日も10時からワークショップがあるので、どうすんだこれという感じである。