チョコより葉緑体ゲノム

うずべんの葉緑体ゲノムを解析したいという話の続きである。

今の時代、ゲノムを解読するのはそこまで大変な仕事ではない。遺伝子配列を読むための機器であるシーケンサーや、解析手法がどんどん進化しているためだ。
特にトランスクリプトーム解析（発現している遺伝子の配列を網羅的に解読してしまう手法）などはメジャーになっている。うずべんのような単細胞生物でもよくやられている。

しかし、葉緑体ゲノムを読もうとすると話が変わってくる。

今挙げたトランスクリプトーム解析を例にしてみる。
この解析では、遺伝子が発現する際の中間産物であるmRNAというものの配列を読む。しかし普通に解析しようとすると、細胞内に大量に存在するrRNA（リボソームを構成するRNA）が邪魔をするのでできない。そこで、mRNAにはあってrRNAにはない配列（一般的にはポリAテール、うずべんだとスプライスリーダーなど）を基準に選別を行い、rRNAを排除してから解析する必要がある。
ところが、葉緑体遺伝子のmRNAにはポリAテールもスプライスリーダーもない。これは、葉緑体がうずべん本体とは異なる原核生物に由来するためである。mRNAにポリAテールが付くのは真核生物限定で、スプライスリーダーが付くのはうずべんを含む一部の生物限定なのだ。

ということで、うずべんをトランスクリプトーム解析しても、葉緑体ゲノムから発現した遺伝子はrRNAと共に排除され、読むことができない。

じゃあどうするのか。この話を昔先輩としたことがあるのだが、結局今話したような網羅的な解析は無理っぽいので、遺伝子を1個ずつ増やして読むしかないらしい。

「1個ずつ増やして読む」とは。文字通り、遺伝子一つ一つをPCRで増やし、伝統的なサンガーシーケンス法で読むのだ。
やってられるか。

…と思わせておいて、実は突破口がひとつある。
話が長くなりそうなので続きはまた次回で。

あと、こうすれば簡単に葉緑体ゲノム読めるよ！ってのがあれば教えてください。